Llegó al Cádiz CF en el mercado invernal de la 2010-2011 y muy pronto consiguió ganarse a la afición, que le dedicó pancartas en la grada y grupo de animación incluído. Pero tras quedar libre marchó al San Fernando CD, que se hacía con los servicios del jiennense.

Después de un breve paso por el Xerez CD de Tercera División, recindió para firmar por el Atlético Sanluqueño CF. Pero allí tampoco llegó a cuajar y se marchó a Gibraltar en busca de suerte deportiva en el College Europa y ahora, un año después, vuelve a cambiar de equipo para firmar por el Lincoln Red Imps FC, también de la colonia británica y con el que disputará la previa de la Champions League.

Juan Sebastián Pegalajar Valero antes de jugar en el Cádiz CF lo hizo en el Jerez Industrial CF, UD Somozas, Baeza CF y categorías inferiores del Real Jaén CF. Posteriormente lo hizo en el San Fernando CD, Xerez CD, Atlético Sanluqueño CF y College Europa FC.